Por yane
Desde hace tiempo quiero explicaros una observación personal. A estas alturas creo que estaréis familiarizados con conceptos como la PCR y los test de anticuerpos para detectar al bicho y que queda claro que son insuficientes y erróneos partiendo de la técnica teórica.
La PCR es una reacción de amplificación del ADN o ARN que en el caso de los virus, solo se aplicaría a «trozos» del mismo, que son los llamados genes, por lo que nunca podrías asegurar que dichos fragmentos no se encuentran en otros virus no descubiertos e incluso se buscan los genes familiares, que mas que diferenciar, nos podrían hasta confundir.
Pero por que se empeñan en usar esta técnica que su propio descubridor sostenía que utilizada en los llamados «test de carga viral» era un oxímoron (del griego: ὀξύμωρον, oxymoron, en latín contradictio in terminis), dentro de las figuras literarias en retórica, era una figura lógica que consiste en usar dos conceptos de significado opuesto en una sola expresión, que generaba un tercer concepto, ejemplo: «hielo abrazador» o sea, ¿cómo se puede amplificar lo que debes contabilizar?
¿No será porque quedaría al descubierto la mentira?
Si quieres saber que estás frente a un virus determinado lo correcto sería secuenciarlo y de esta manera, asegurar con un 99,99% de posibilidad que efectivamente es ese y no otro. Tendrías la lista de todas sus bases (C, G, A, U para un virus ARN).
Y es que secuenciar un virus es algo complejo cuando en principio debes aislarlo y reconocerlo, asegurarte de que es ese, como sucedió con nuestro «entrañable» SarsCov2, que saltó de los murciélagos al hombre por «gracia divina» y conveniente «interés», siendo identificado en una semana. Pero una vez lo has identificado, la cosa cambia y veréis por que.
La secuenciación de ADN es una técnica ampliamente usada en casos de establecer paternidad, criminalística, ancestros, etc. Al menos esto es teóricamente pero tened cuidado con el sitio en donde os lo practicais no vaya a ser que os pase como a este chico que utilizo My Heritage y que luego de pagar 65€, reconoce el timo. Mi consejo es que no suministreis vuestro ADN para ninguna base de datos pero es vuestra elección.
Ya sabéis , aquello del libre albedrío…
Ahora bien, me asaltó la duda de por que no se puede hacer lo mismo con los virus, si es la técnica correcta. Siempre se me dijo que era muy costoso y complicado. Supongo que como el resto asimile esta explicación, pero observando que se hace en estos procesos de paternidad y pensando como una «conspiranóica», todo cambia. El refrán «piensa mal y acertarás» tendría que ser el principio que deberíamos llevar por bandera en este mundo gobernado por el mentiroso mayor.
Empecé a consultar los precios del mercado de un secuenciador, si era posible que fuese un problema que fueran virus de ARN y al no ser ADN fuese todo mas complicado pero NO.
La historia de los secuenciadores es larga. Me consta su presencia en universidades y hospitales públicos. ¿Se podrá por tanto utilizar?
Vamos a tratar de resolver la compatibilidad de la técnica actual con el numero de bases nitrogenadas del virus SarsCov2. Según se plantea en el mundillo científico, el ARN del coronavirus actual consta de 30.000 bases nitrogenadas. Se trata de un virus grande comparado con el virus VIH que tiene 10 000.
https://www.ideal.es/opinion/como-se-hace-test-covid19-realiza-datos-aporta-20200323145813-nt.html
Según la mismísima wikipedia, fuente por excelencia de la VO así como otras como pubmed, la secuenciación actual abarcaría de 300-1000 nucleótidos o bases de longitud. Así que 30 000 bases del coronavirus o incluso las 10.000 del VIH serían demasiado grandes de completar. No obstante, se podría obtener fragmentos mayores que los «genes»de la actual PCR aunque ya os adelanto que este no es el único método, solo es el convencional.
Si hace una década secuenciar el ADN costaba unos 300.000 dólares -equivalentes a 283.000 euros-, en la actualidad el coste se sitúa en torno a los 1.000 -940 euros-. Por tanto, el avance de las máquinas que están siendo desarrolladas por Illumina sería totalmente disruptivo, reduciendo el precio de la secuenciación a la décima parte del coste actual.
Según las declaraciones del ejecutivo de la compañía Francis DeSouza recogidas por Gizmodo, estas secuenciadoras lowcost llegarán dentro de diez años, no solamente abaratando el proceso sino acelerándolo considerablemente, ya que prometen una rapidez seis veces superior a la actual.
Los sistemas NovaSeq 5000 y 6000 tendrán un precio de 850.000 dólares y 985.000 dólares respectivamente, siendo mucho más económicos en relación al precio de las muestras que otras máquinas empleadas en la actualidad, como los sistemas HiSeq X Five o HiSeq X Ten de la compañía.
Esto os puede parecer una burrada pero a nivel inversión de laboratorio de salud y mas en una enfermedad como esta, que abarca un espectro de enfermos tan amplio, tendría toda la justificación del mundo y abarataría los precios actuales al establecer competencia. Todo esto sin contar que existen otros fabricantes como los chinos, inmensamente mas económicos y no por ello menos serios.
Aquí os pongo el enlace a Ebay de un secuenciador de Illumina, la empresa fabricante mas potente, pero mucho mas barato.
La secuenciación del ARN, que por razones técnicas es más sencilla de llevar a cabo que la del ADN, se desarrolló con anterioridad a esta última.
La de ARN data de la era previa al ADN recombinante. Se trató de la secuencia del primer gen completo y del genoma completo del Bacteriófago MS2, identificado y publicado por Walter Fiers y colaboradores de la Universidad de Gante.
Pero repito, disponemos ya de estos secuenciadores en hospitales y universidades. Por tanto, esta inversión estaría infrautilizada, al margen de las necesidades actuales.
Aquí el hospital 12 de Octubre de Madrid.
Aquí el Clinic de Barcelona…
Os pongo la captura de los servicios de la empresa Cabimet en Andalucia.
Lo que quiero es que os deis cuenta de que esta tecnología NGS sería capaz de secuenciar masivamente hasta 400 pares de bases (pb). Al coronavirus solo le hacen falta 30.000 bases y al VIH menos. Y todo en 3 h.
Observemos esta noticia de actualidad correspondiente a Enero de este año 2020:
«Roche e Illumina se asocian para ampliar el acceso de los pacientes a los test genómicos».
Roche es el líder mundial en diagnóstico in vitro y diagnóstico histológico del cáncer, y se sitúa a la vanguardia en el control de la diabetes.
En esta noticia tenemos la unión de la empresa»reina» de los laboratorios (Roche) con Illumina, la fabricante de secuenciadores de nueva generación (NGS) para dominar el sistema de diagnóstico y tratamiento «personalizado» de los pacientes en esta terrible patología.
Aunque la tecnología NGS que permite realizar la secuenciación masiva ha ido mejorando progresivamente y ahora se anuncia que es posible secuenciar el genoma completo de un humano al precio de 1.000$, no hay descanso en el intento de conseguir secuenciar más rápida y económicamente.
Hace ya años que se habla de una de las posibles tecnologías que podría ser de utilidad en la secuenciación de genomas: y es la basada en los nanoporos.
La tecnología por nanoporos incluye ARN y está tan desarrollada como este secuenciador de bolsillo.
Es cierto que este dispositivo de bolsillo no es lo ideal en cuanto a fiabilidad y seriedad para un laboratorio, pero ahí esta, y dicen que lee de forma correcta entre un 60 y un 85% de los nucleótidos del ADN, frente al 99.9% de los mejores y considerablemente más caros, secuenciadores de la compañía Illumina. Es el sueño de cualquier consulta.
https://genotipia.com/genetica_medica_news/minion-secuenciador-de-bolsillo/
La secuenciación de nanoporos que fue propuesta en 1996 por David Deamer y Daniel Branton. La empresa Oxford Nanopore Technologies ONT la desarrolló a nivel comercial por primera vez en 2014. Consiste en hacer pasar una de las hebras del ADN a través del poro de una proteína sintética con un diámetro interior de 1 nanómetro. Esta proteína está colocada en una membrana de polímero resistente a la electricidad. Cuando el ADN pasa a través del poro se crea una alteración característica en la corriente eléctrica que permite identificar la secuencia de nucleótidos.
La secuenciación de ADN por nanoporos alcanza una exactitud superior al 99,99% en secuencias consenso, a pesar de tener una tasa de error superior a otras plataformas de secuenciación más establecidas.
Tradicionalmente, para secuenciar el ARN se necesita un paso previo: convertirlo a su ADN complementario, usando la enzima llamada transcriptasa inversa. Esto se realiza mediante la técnica RT-PCR pero en el caso tecnología de secuenciación por nanoporos es la posibilidad de secuenciar el ARN directamente. Esto permite prescindir del paso de conversión a ADN, acelerando así el proceso de diagnóstico del virus en las muestras. Además, la secuenciación por nanoporos no tiene límite de tamaño en los fragmentos secuenciados, a diferencia de otras tecnologías, lo que permite secuenciar el ARN viral completo en un solo fragmento y detectar las modificaciones (metilaciones) en las bases del ARN viral.
Entre todas las técnicas de secuenciación existentes, la secuenciación por nanoporos es única por su rapidez, ya que permite la secuenciación completa de virus en tiempo real. Actualmente el tiempo necesario desde la muestra clínica a la secuencia del coronavirus es de 8 horas y con un aparato del tamaño de un pendrive.
El protocolo más popular hoy por hoy es, sin duda, el desarrollado por ARTIC-Network, que amplifica el ARN del virus usando más de 200 fragmentos. Ha sido empleada en la investigación de los mayores brotes epidémicos internacionales, como los de ébola y el zika. Actualmente en Estados Unidos e Inglaterra se utiliza por su posibilidad de compartir los resultados en tiempo real con una plataforma de datos que se actualiza como GISAID.
GISAID y NextStrain son plataformas «globales» que han permitido trazar un mapa de seguimiento de la transmisión del virus por países y fechas en función de sus mutaciones. Uniendo esta información a coordenadas geoespaciales y temporales permite conocer las rutas de dispersión que ha seguido la expansión del coronavirus por todo el planeta. Todo esto, como podéis apreciar, tan centralizado, es susceptible de manipulación. Solo se emplea en investigación, ¿por qué no se hace a pie de hospital? ¿No seria mucho mas completo?
En España no se está aplicando esta tecnología a nivel diagnóstico pero los autores de este articulo dicen estar trabajando en su optimización futura. (Cuando esté todo bien «atado»?, je je je).
También tenemos a la empresa Biome Makers que ha creado un sistema alternativo a la PCR que «multiplica por diez» la capacidad para realizar y analizar pruebas. Podrían hacerse 200.000 diarias.
Adrián Ferrero y Alberto Acedo, emprendedores de Valladolid, decidieron poner al servicio de todos los interesados un protocolo que consta de dos partes: un conjunto de reactivos de laboratorio para identificar a las personas contagiadas y una aplicación de procesado de datos. Esto lo pensaban aplicar en el estudio de cánceres pero lo vieron como una opción correcta aplicable al Covid 19.
La han puesto de manera altruista al servicio de los hospitales y de todos los interesados.
Su metodología, tal y como señala Adrián Ferrero, es útil por varios motivos. En primer lugar, desde el punto de vista epidemiológico, ya que con ella sería sencillo detectar un rebrote en una población determinada que podría aislarse y evitar que se propague. En segundo, subraya que en la actualidad existe «una presión importante» sobre los reactivos que se utilizan para las PCR, ya que están agotados por la demanda. En tercero, considera que permite extraer «información vital» sobre la incidencia del virus en grupos de población concretos, como pueden ser los sanitarios.
Refieren los investigadores haber sido contactados por el Instituto Carlos III pero a mi me ha sonado a un: gracias, ya te llamaremos.
Todo esto de las bases de datos es muy manejable, pero aquí estaríamos frente a una base propia, no a GISAID, y con científicos que utilizan la cabeza y no parecen estar en el pastel. Veremos como evoluciona esto.
Os dejo el enlace a la entrevista de los investigadores en el diario de Valladolid:
En fin, solo quería haceros partícipes de un tipo fiable de exámenes, mas eficientes, baratos y disponibles pero que no parecen interesar porque talvez y solo tal vez en manos adecuadas, destaparían la verdad de las «supuestas mutaciones» en tiempo real, sin capacidad de maquillaje.
Muchas gracias y feliz día!!!
Cualquier donativo será bienvenido.
Mi gratitud por anticipado.
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Un Técnico Preocupado 
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